MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus salivarius CECT 5713 plasmid pHN2

Total Repeats: 221

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017480	ATC	2	6	816	821	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839805
2	NC_017480	TTG	2	6	854	859	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839805
3	NC_017480	TAA	2	6	863	868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839805
4	NC_017480	AAT	2	6	903	908	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839805
5	NC_017480	ATC	2	6	923	928	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839805
6	NC_017480	CGTT	2	8	945	952	0 %	50 %	25 %	25 %	385839805
7	NC_017480	CGT	2	6	1008	1013	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385839805
8	NC_017480	TCG	2	6	1060	1065	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385839805
9	NC_017480	ACT	2	6	1074	1079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839805
10	NC_017480	T	7	7	1100	1106	0 %	100 %	0 %	0 %	385839805
11	NC_017480	TTG	2	6	1118	1123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839805
12	NC_017480	AAT	2	6	1134	1139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839805
13	NC_017480	TTAA	2	8	1170	1177	50 %	50 %	0 %	0 %	385839805
14	NC_017480	ATC	2	6	1214	1219	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839805
15	NC_017480	T	6	6	1276	1281	0 %	100 %	0 %	0 %	385839805
16	NC_017480	ATTA	2	8	1325	1332	50 %	50 %	0 %	0 %	385839805
17	NC_017480	TTG	2	6	1385	1390	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839805
18	NC_017480	CTTT	2	8	1400	1407	0 %	75 %	0 %	25 %	385839805
19	NC_017480	ATCCG	2	10	1485	1494	20 %	20 %	20 %	40 %	385839805
20	NC_017480	T	7	7	1500	1506	0 %	100 %	0 %	0 %	385839805
21	NC_017480	T	6	6	1539	1544	0 %	100 %	0 %	0 %	385839805
22	NC_017480	T	6	6	1558	1563	0 %	100 %	0 %	0 %	385839805
23	NC_017480	CAAC	2	8	1579	1586	50 %	0 %	0 %	50 %	385839805
24	NC_017480	TTGC	2	8	1628	1635	0 %	50 %	25 %	25 %	385839805
25	NC_017480	TGCG	2	8	1721	1728	0 %	25 %	50 %	25 %	385839805
26	NC_017480	TTCT	2	8	1799	1806	0 %	75 %	0 %	25 %	385839805
27	NC_017480	TTC	2	6	1808	1813	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839805
28	NC_017480	GATT	2	8	1853	1860	25 %	50 %	25 %	0 %	385839805
29	NC_017480	TCTT	2	8	1865	1872	0 %	75 %	0 %	25 %	385839805
30	NC_017480	TAAA	2	8	1931	1938	75 %	25 %	0 %	0 %	385839805
31	NC_017480	CTT	2	6	1971	1976	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839805
32	NC_017480	ATC	2	6	1977	1982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839805
33	NC_017480	GGC	2	6	2007	2012	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385839805
34	NC_017480	CCT	2	6	2087	2092	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385839805
35	NC_017480	TGT	2	6	2118	2123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839805
36	NC_017480	CAC	2	6	3189	3194	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385839806
37	NC_017480	TTG	2	6	3256	3261	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839806
38	NC_017480	TGTT	2	8	3325	3332	0 %	75 %	25 %	0 %	385839806
39	NC_017480	TGT	2	6	3350	3355	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839806
40	NC_017480	GTG	2	6	3366	3371	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385839806
41	NC_017480	A	6	6	3376	3381	100 %	0 %	0 %	0 %	385839806
42	NC_017480	TTC	2	6	3382	3387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839806
43	NC_017480	CCTTGT	2	12	3407	3418	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385839806
44	NC_017480	GCC	2	6	3449	3454	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385839806
45	NC_017480	ACT	2	6	3455	3460	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839806
46	NC_017480	CT	3	6	3525	3530	0 %	50 %	0 %	50 %	385839806
47	NC_017480	GTTTGT	2	12	3596	3607	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839806
48	NC_017480	GTTT	2	8	3681	3688	0 %	75 %	25 %	0 %	385839806
49	NC_017480	CCTT	2	8	3746	3753	0 %	50 %	0 %	50 %	385839806
50	NC_017480	CTG	2	6	4185	4190	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385839807
51	NC_017480	CCA	2	6	4197	4202	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385839807
52	NC_017480	TCA	2	6	4307	4312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839807
53	NC_017480	GGT	2	6	4361	4366	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385839807
54	NC_017480	TAA	2	6	4387	4392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839807
55	NC_017480	CGC	2	6	4400	4405	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385839807
56	NC_017480	TTG	2	6	4408	4413	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839807
57	NC_017480	TCA	2	6	4484	4489	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839807
58	NC_017480	TGT	2	6	4529	4534	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839807
59	NC_017480	TTA	2	6	4613	4618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385839807
60	NC_017480	TA	3	6	4623	4628	50 %	50 %	0 %	0 %	385839807
61	NC_017480	T	6	6	4640	4645	0 %	100 %	0 %	0 %	385839807
62	NC_017480	T	6	6	4760	4765	0 %	100 %	0 %	0 %	385839807
63	NC_017480	GTTC	2	8	4872	4879	0 %	50 %	25 %	25 %	385839807
64	NC_017480	TTCT	2	8	4939	4946	0 %	75 %	0 %	25 %	385839807
65	NC_017480	CTT	2	6	5025	5030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839807
66	NC_017480	TTG	2	6	5119	5124	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839807
67	NC_017480	AG	3	6	5254	5259	50 %	0 %	50 %	0 %	385839807
68	NC_017480	TTA	2	6	6175	6180	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385839808
69	NC_017480	GCT	2	6	6205	6210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385839808
70	NC_017480	TCA	2	6	6217	6222	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839808
71	NC_017480	CAA	2	6	6281	6286	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385839808
72	NC_017480	A	6	6	6285	6290	100 %	0 %	0 %	0 %	385839808
73	NC_017480	GT	3	6	6466	6471	0 %	50 %	50 %	0 %	385839808
74	NC_017480	TAGTC	2	10	6485	6494	20 %	40 %	20 %	20 %	385839808
75	NC_017480	TAAT	2	8	6496	6503	50 %	50 %	0 %	0 %	385839808
76	NC_017480	GTT	2	6	6510	6515	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839808
77	NC_017480	CAT	2	6	6533	6538	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839808
78	NC_017480	T	6	6	6552	6557	0 %	100 %	0 %	0 %	385839808
79	NC_017480	TTC	2	6	6649	6654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839808
80	NC_017480	T	6	6	6690	6695	0 %	100 %	0 %	0 %	385839808
81	NC_017480	GTT	2	6	6704	6709	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839808
82	NC_017480	TAG	2	6	6736	6741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385839808
83	NC_017480	T	7	7	6744	6750	0 %	100 %	0 %	0 %	385839808
84	NC_017480	GTT	2	6	6791	6796	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839808
85	NC_017480	TAA	2	6	6828	6833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839808
86	NC_017480	TAA	2	6	6876	6881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839808
87	NC_017480	AAAT	2	8	6884	6891	75 %	25 %	0 %	0 %	385839808
88	NC_017480	AAT	2	6	6905	6910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839808
89	NC_017480	TCA	2	6	7046	7051	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839809
90	NC_017480	GCC	2	6	7065	7070	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385839809
91	NC_017480	CT	3	6	7072	7077	0 %	50 %	0 %	50 %	385839809
92	NC_017480	TCGTT	2	10	7088	7097	0 %	60 %	20 %	20 %	385839809
93	NC_017480	CTT	2	6	7113	7118	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839809
94	NC_017480	ATCA	2	8	7201	7208	50 %	25 %	0 %	25 %	385839809
95	NC_017480	GTT	2	6	7425	7430	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839809
96	NC_017480	ACTC	2	8	7462	7469	25 %	25 %	0 %	50 %	385839809
97	NC_017480	ATG	2	6	8118	8123	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385839810
98	NC_017480	CGG	2	6	8126	8131	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385839810
99	NC_017480	GAA	2	6	8202	8207	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385839810
100	NC_017480	GACAA	2	10	8319	8328	60 %	0 %	20 %	20 %	385839810
101	NC_017480	TGA	2	6	8339	8344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385839810
102	NC_017480	AGA	2	6	8354	8359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385839810
103	NC_017480	TGCT	2	8	8461	8468	0 %	50 %	25 %	25 %	385839810
104	NC_017480	A	6	6	8469	8474	100 %	0 %	0 %	0 %	385839810
105	NC_017480	GGT	2	6	8502	8507	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385839810
106	NC_017480	AGTAA	2	10	8553	8562	60 %	20 %	20 %	0 %	385839810
107	NC_017480	TCT	2	6	8667	8672	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839810
108	NC_017480	GAA	2	6	8685	8690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385839810
109	NC_017480	CTTAA	2	10	8703	8712	40 %	40 %	0 %	20 %	385839810
110	NC_017480	GCC	2	6	8789	8794	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385839810
111	NC_017480	A	6	6	8805	8810	100 %	0 %	0 %	0 %	385839810
112	NC_017480	TTG	2	6	8841	8846	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385839810
113	NC_017480	TTC	2	6	9034	9039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385839811
114	NC_017480	TTGA	2	8	9161	9168	25 %	50 %	25 %	0 %	385839811
115	NC_017480	CTA	2	6	9195	9200	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839811
116	NC_017480	GAA	2	6	9209	9214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385839811
117	NC_017480	TCA	2	6	9234	9239	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839811
118	NC_017480	GCA	2	6	9250	9255	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385839811
119	NC_017480	A	7	7	9346	9352	100 %	0 %	0 %	0 %	385839811
120	NC_017480	T	6	6	9383	9388	0 %	100 %	0 %	0 %	385839811
121	NC_017480	TTTTC	2	10	9397	9406	0 %	80 %	0 %	20 %	385839811
122	NC_017480	ACC	2	6	9435	9440	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385839811
123	NC_017480	TAATTC	2	12	9447	9458	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385839811
124	NC_017480	ATC	2	6	9758	9763	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839812
125	NC_017480	TC	3	6	9781	9786	0 %	50 %	0 %	50 %	385839812
126	NC_017480	GAAT	2	8	9813	9820	50 %	25 %	25 %	0 %	385839812
127	NC_017480	GTG	2	6	9851	9856	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385839812
128	NC_017480	GATT	2	8	9868	9875	25 %	50 %	25 %	0 %	385839812
129	NC_017480	TCA	2	6	9900	9905	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839812
130	NC_017480	TCA	2	6	9921	9926	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839812
131	NC_017480	CAT	2	6	10012	10017	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839812
132	NC_017480	ATCCT	2	10	10028	10037	20 %	40 %	0 %	40 %	385839812
133	NC_017480	TAC	2	6	10256	10261	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839812
134	NC_017480	ATC	2	6	10262	10267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839812
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136	NC_017480	AGCA	2	8	10361	10368	50 %	0 %	25 %	25 %	385839812
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.